Le mostre permanenti del Madeira Whale Museum occupano oltre 1.000 m2 divisi in due sale. Le mostre permanenti sono aperte al pubblico da settembre 2011 e il visitatore è invitato a esplorare le acque intorno a Madeira per scoprire le sue ricchezze e conoscere meglio le balene, i delfini e altre forme di vita marina che popolano queste acque. Il visitatore viene anche trasportato nel tempo all'inizio degli anni '40, per saperne di più sulla storia della caccia alle balene a Madeira. Il percorso espositivo inizia nella Whaling Room, con la riscoperta dell'antichità attraverso una serie di oggetti, immagini stampate, filmati e chioschi multimediali. Questa sala è suddivisa in diverse aree tematiche, che vanno dal funzionamento della rete di vedetta alla fabbrica per la lavorazione degli animali, così come le tecniche di caccia, la ricostruzione della flotta baleniera e degli equipaggi, e la contestualizzazione della caccia alle balene a Madeira sul mondo.