Durante il XIX secolo, la funzione dell'edificio è cambiata completamente. Gli austriaci, che all'epoca si erano stabiliti a Cracovia, avevano istituito una prigione in questo luogo. Paradossalmente, l'edificio ha ereditato il nome del monastero e divenne conosciuto come prigione di San Michele. Venne chiusa in seguito alla Seconda Guerra Mondiale e successivamente vi venne fondato il Museo Archeologico. L'attrazione più famosa è la statua di Światowid, un dio pagano con quattro volti, risalente al IX e X secolo e scoperta nel 1848 a Zbrucz.